Echter, een deel van de CO₂-emissie vermindering uit de bodem werd tenietgedaan door hogere emissies ten gevolge van de aanvoer van ruw- en krachtvoer (1,4 tot 2,0 ton CO₂-eq per ha). Daarnaast waren er relatief kleinere veranderingen van methaan- en lachgasemissies en emissies uit energieverbruik.
Voor de hoogwaterbedrijfssystemen, en met name voor het Jersey hoogwaterbedrijfssysteem, was de stikstof- en fosfaataanvoer wat hoger via aangevoerd ruwvoer. Voor stikstof lag echter de afvoer via melk voor Jersey ook hoger, maar voor fosfaat niet. De bedrijfsstikstofbenutting (18%) verschilde gemiddeld niet tussen de bedrijfssystemen, maar de fosfaatbenutting was gemiddeld 5-9 kg per hectare lager voor de hoogwaterbedrijfssystemen. De hoogwaterbedrijfssystemen hadden gemiddeld een 2-5 kg per hectare lagere ammoniakemissie, en een 4 tot 14% lagere ammoniakemissie per kg meetmelk in vergelijking tot het laagwaterbedrijfssysteem, voornamelijk als gevolg van een lager eiwitgehalte in het gras en het rantsoen.